后来学园都市高层启动“绝对能力者进化计划”，即利用美琴的dna图谱量产两万个御坂妹妹，让一方通行杀害两万个御坂妹妹可进化为lv6。 美琴为了御坂妹妹们，独自面对学园的黑暗。 黑子虽然不知道这一切，但也在背后默默守护着美琴。